Antalya İli Domates Üretim Seralarında Tomato chlorosis virus'ün hsp70 Geni Kullanılarak Tanılanması ve Kısmi Moleküler Karakterizasyonu

Türkiye Fitopatoloji Derneği Dergisi / Makale Detayları
Cilt(Volume): 45 Sayı(Number): 2-3 2016 Sayfa(Page): 63-72 2016-1-63-72.pdf



Başlık: Antalya İli Domates Üretim Seralarında Tomato chlorosis virus'ün hsp70 Geni Kullanılarak Tanılanması ve Kısmi Moleküler Karakterizasyonu

Yazar: Hasret ÖZTÜNÇ, Bayram ÇEVİK*

 

Özet: Tomato chlorosis virus (ToCV) son yıllarda başta Akdeniz ülkeleri olmak üzere dünya domates üretim alanlarında yayılan bir virüstür. Ülkemizde virüsün varlığı 2008 yılında Fethiye'de tespit edilmiş ancak ülkemizin en önemli domates üretim bölgesi olan Antalya ilinde ToCV varlığı ve yaygınlığı henüz saptanmamıştır. Bu çalışmada Antalya Merkez ve Kumluca ilçelerinde sörvey çalışmaları yapılarak 12 farklı üretim serasından 50 farklı domates örneği toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler total nükleik asit izolasyonu yapıldıktan sonra ısı şoku protein 70 homolog (heat shock protein homologue, hsp70h) genine spesifik primerler kullanılarak nested-RT-PCR yöntemiyle ToCV varlığı açısından test edilmiştir. Yapılan testlemeler sonucunda 50 domates örneğinden 25 tanesinin (%50) ToCV ile enfekteli olduğu bulunmuştur. Bu sonuçla ToCV'nin Antalya ilinde varlığı ilk kez rapor edilmiş ve virüsün bölgede yaygın olarak bulunduğu ortaya konmuştur. Antalya Merkez ve Kumluca'dan ikişer izolatın hsp70h geninin dizilemesi yapılarak birbirleriyle ve dünyanın farklı domates üretim bölgelerinden elde edilen izolatların hsp70h genleriyle kıyaslaması ve filogenetik analizler yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda ToCV izolatları arasında %5'e varan oranlarda genetik farklılık olduğu ve filogenetik olarak ToCV izolatların iki ana gruba ayrıldığı belirlenmiştir. Ayrıca oluşan filogenetik grupların ToCV izolatların coğrafik orijinleriyle ilişkili olabileceği tespit edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Domates, hsp70h, nested-RT-PCR, dizi analizi, filogenetik analiz




Title: Detection and Partial Molecular Characterization of Tomato chlorosis virus Isolates from Tomato Production Greenhouses in Antalya Province Using hsp70h Gene

Author: Hasret ÖZTÜNÇ, Bayram ÇEVİK*

 

Abstract: Tomato chlorosis virus (ToCV) has been spreading in tomato production area of the world, particularly in the Mediterranean countries in recent years. The presence of the virus in Turkey was detected in Fethiye in 2008, but the presence of the virus in most important tomato production region, Antalya Province, is not yet known. In this study, a survey was conducted in Antalya Merkez and Kumluca districts and 50 samples were collected from 12 different tomato production greenhouses. After total nucleic acid isolation, all samples were tested for the presence of the ToCV by amplification of the heat shock protein 70 homologue gene (hsp70h) with gene-specific primers using nested RT-PCR method. The nested PCR test revealed that 25 of 50 tomato samples (50%) were infected with ToCV. These results showed the presence of ToCV in Antalya province for the first time and demonstrated that the virus is widely distributed in the region. The hsp70h genes of two isolates from Antalya Merkez and Kumluca districts were sequenced and used for comparison and phylogenetic analysis with each other and hsp70h genes of ToCV isolates from different tomato production area of the world retriwed from GenBank databases. As results of these analyses up to 5% genetic difference was determined among ToCV isolates from different regions and ToCV isolates were phylogenetically divided into two main groups. It was also determined that the phylogenetic groups formed may be associated with geographical origin of ToCV isolates.

Keywords: Tomato, hsp70h, nested RT-PCR, sequence analysis, phylogenetic analysis