Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV)’ün Tanılanmasında Konvansiyonel RT-PCR ile Real-Time RT-PCR Tekniklerinin Karşılaştırılması

Türkiye Fitopatoloji Derneği Dergisi / Makale Detayları
Cilt(Volume): 45 Sayı(Number): 2-3 2016 Sayfa(Page): 53-62 2016-1-53-62.pdf



Başlık: Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV)’ün Tanılanmasında Konvansiyonel RT-PCR ile Real-Time RT-PCR Tekniklerinin Karşılaştırılması

Yazar: Serkan ÖNDER, İsmail Can PAYLAN, Mustafa GÜMÜŞ

 

Özet: Biyoteknoloji ve moleküler biyolojideki son gelişmeler, bitki virüslerinin tanılanmasında kullanılan serolojik ve moleküler yöntemlerin gelişmesinde önemli bir rol oynamıştır. Bununla birlikte bu metotların spesifiklikleri ve duyarlılıkları patojenlere ve konukçulara göre değişim gösterebilmektedir. Bu çalışmada, Ege Bölgesi bağ alanlarında yaygın olarak görülen Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV)’ün konvansiyonel RT-PCR ve real-time PCR yöntemleriyle karşılaştırmalı tanıları gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, daha önce DAS-ELISA yöntemiyle test edilen 8 enfekteli, 5 sağlıklı toplam 13 adet simptom gösteren asma örneği kullanılmıştır. Sonuçlar, konvansiyonel RT-PCR’ın ardından agaroz jel elektroforez sistemi ile real-time PCR’dan sonra ise melting (erime eğrisi) analizi ile değerlendirilmiştir. Konvansiyonel RT-PCR sonucunda 13 örnekten 10’u enfekteli olarak bulunurken real-time PCR yönteminde 13 örnekten 11’i enfekteli olarak saptanmıştır. Gerçekleştirilen bu çalışmanın sonucunda real-time RT-PCR yönteminin konvensiyonel PCR’a göre oldukça duyarlı, güvenilir ve hızlı bir yöntem olduğu saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Asma, GFLV, RT-PCR, real-time PCR




Title: Comparison of Conventional RT-PCR and Real-time RT-PCR Assays for Diagnosis of Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV)*

Author: Serkan ÖNDER, İsmail Can PAYLAN, Mustafa GÜMÜŞ

 

Abstract: Recently advances in biotechnology and molecular biology have played a significant role in development of serological and molecular assays for detection of plant viruses. However, specificity and sensitivity of them may show variation according to pathogens and hosts. In this study, Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV) which was the most prevalent viral agent in Aegean viticulture production areas was used to compare conventional RT-PCR and real-time RT-PCR. For this purpose, 8 infected and 5 healthy, totally 13 symptomatic grapevine samples which have been detected by DAS-ELISA were used. After the conventional RT-PCR and real-time PCR assays, results were evaluated agarose gel electrophoresis and melting analysis respectively. The conventional RT-PCR results showed that 10 out of 13 samples were infected with GFLV, whereas 11 out of 13 samples were found infected with real-time RT-PCR. At the end of this study, the real-time RT-PCR assays were found more sensitive, reliable and rapid than conventional RT-PCR.

Keywords: Grapevine, GFLV, RT-PCR, real-time PCR