Ege Bölgesi Bağ Alanlarında Sorun Olan Bazı Viral Etmenlerin Real-time PCR ile Teşhisi

Türkiye Fitopatoloji Derneği Dergisi / Makale Detayları
Cilt(Volume): 45 Sayı(Number): 1 2016 Sayfa(Page): 21-30 2016-1-21-30.pdf



Başlık: Ege Bölgesi Bağ Alanlarında Sorun Olan Bazı Viral Etmenlerin Real-time PCR ile Teşhisi

Yazar: Serkan ÖNDER, İsmail Can PAYLAN, Mustafa GÜMÜŞ

 

Özet: Bu çalışma ile Ege Bölgesi bağ alanlarında sorun olan önemli bazı viral etmenlerden; Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV), Grapevine leafroll associated-virus 1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll associated-virus 2 (GLRaV-2) ve Grapevine leafroll associated-virus 3 (GLRaV-3)’ün Syber Green I temelli Real-Time PCR yöntemi kullanılarak hızlı ve güvenilir teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla daha önceden serolojik (DAS-ELISA) ve konvansiyonel RT-PCR tanı yöntemleriyle GFLV, GLRaV-1, GLRaV-2 ve GLRaV-3 virüsleri açısından enfekteli olduğu tespit edilen örnekler kullanılmıştır. Sağlıklı bitki örnekleri ise negatif kontrol olarak kullanılmıştır. Syber Green I temelli Real-time PCR sonuçlarının doğrulanması ise Real-time PCR protokolünün hemen ardından her bir örneğe uygulanan melting (erime eğrisi) analizleri ile yapılmıştır. Gerçekleştirilen erime eğrisi analizleri sonucunda primer dimerleri gibi spesifik olmayan amplifikasyonlar tespit edilerek yalancı pozitif sonuçlar bertaraf edilmiştir. Optimizasyon çalışmalarından sonra, sözkonusu tüm virüs etmenlerinin Syber Green I temelli Real-time PCR yöntemi ile başarılı bir şekilde teşhisleri gerçekleştirilmiştir.

Anahtar Kelimeler: GFLV, GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, asma.




Title: Detection of Several Important Viral Agents by Real-time PCR in Aegean Vineyards*

Author: Serkan ÖNDER, İsmail Can PAYLAN, Mustafa GÜMÜŞ

 

Abstract: In this study, Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV), Grapevine leafroll associated-virus 1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll associated-virus 2 (GLRaV-2) and Grapevine leafroll associated-virus 3 (GLRaV-3) which were the most important viral diseases in Aegean viticulture production areas were determined with Syber Green I based Real-time PCR methods in a rapid and reliable way. For this purpose, separately GFLV, GLRaV-1, GLRaV-2 and GLRaV-3 infected grapevine samples were used which were previously detected by DAS-ELISA and conventional RT-PCR. Healthy plant sample was also used for negative control. The results of Syber Green I based Real-time PCR were confirmed by melting curve analyses which were performed to each samples right after Real-time PCR protocol. Result of melting curve analyses, non specific amplifications such as primer dimers were determined and false positive results were ignored. Detection of all above virus agents were successfully performed after optimisation assays with Syber Green I based Real-time PCR.

Keywords: GFLV, GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, grapevine.