Türkiye'de Populus nigra Ağaçlarının Kanser ve Kuruma Belirtisi Gösteren Dokularından Elde Edilen Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum'un ITS ve LSU-rDNA Nükleotid Dizilerine Dayanarak Kesin Teşhisi

Türkiye Fitopatoloji Derneği Dergisi / Makale Detayları
Cilt(Volume): 46 Sayı(Number): 3 2017 Sayfa(Page): 107-115 2017-3-107-115.pdf



Başlık: Türkiye'de Populus nigra Ağaçlarının Kanser ve Kuruma Belirtisi Gösteren Dokularından Elde Edilen Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum'un ITS ve LSU-rDNA Nükleotid Dizilerine Dayanarak Kesin Teşhisi*

Yazar: Sibel DERVİŞ, Osman ÇİFTÇİ, Şahimerdan TÜRKÖLMEZ, Çiğdem ULUBAŞ SERÇE

 

Özet: Malatya ili Doğanşehir ilçesinde 2016 yılında yapılan arazi çalışmaları sırasında gövde, dal kanseri ve kuruma belirtileri gösteren kavak (Populus nigra) ağaçlarından alınan örneklerden yapılan laboratuar çalışmaları sonucunda piknidyum içeren kabukların altından ve odun dokularından sırasıyla Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum izole edilmiştir. İlkbaharda, kavak ağaçlarının sürgünlerine, tamamen gelişmiş olan dördüncü yapraklarının koparılması sonucu ortaya çıkan yaralar üzerine, C. chrysosperma ve C. purpureum izolatları tarafından kolonize edilmiş agar disklerinin yerleştirilmesiyle inokulasyon yapılmıştır. İnokülasyondan üç ay sonra C. chrysosperma ve C. purpureum ile inokulasyon bölgesinde sırasıyla 6,4 ve 3,3 cm uzunluğunda kanserler oluşmuş ve sürgünler büzüşmüştür. Benzer bir şekilde, serada gerçekleştirilen patojenite testlerinde, kabuk dokusunda oluşturulan yaraların bu izolatlar ile inokülasyonundan yaklaşık 14 gün sonra kanser oluşumu gerçekleşmiştir. Hastalanan bitkilerin dokularından yapılan izolasyonlarda C. chrysosperma ve C. purpureum’un tekrar izole edilmesi ile hastalık etmenlerinin bu funguslar olduğu doğrulanmıştır. Steril ortam diskleri ile inokule edilen kontrol sürgünlerdeki yaralarda kanser oluşmamıştır. Her fungal türün temsili izolatından tüm DNA’nın izolasyonu yapılmıştır. İzole edilen toplam DNA’lar, rDNA'nın internal transcribed spacer (ITS) ve large subunit (LSU) gen bölgeleri için sırasıyla ITS6/ITS4 ve NL1/NL4 primer çiftleri kullanılarak amplifiye edilmiş ve dizilenmiştir. BLAST analizleri sonucunda, daha önce Gen Bankası’nda kaydedilen birçok C. chrysosperma ve C. purpureum ITS ve LSU nükleotid dizisi ile %99 benzerlik göstermiştir. Bu diziler Gen Bankasına kaydedilmiştir. C. chrysosperma ve C. purpureum’nın ITS-rDNA için NCBI’dan verilen erişim numaraları sırasıyla MF536529 ve MF536531; LSU-rDNA için veriler erişim numaraları ise sırasıyla MF536530 ve MF536532’dir. Bu fungus etmenlerinin Türkiye'deki varlığı daha önce bildirilmekle birlikte bu çalışma, C. chrysosperma ve C. purpureum'un ITS ve LSU-rDNA nükleotid dizilerine dayanarak moleküler karakterizasyonlarının ilk raporudur.

Anahtar Kelimeler: Kavak, kanser, Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum, PCR




Title: ITS and LSU-rDNA Nucleotide Sequences Based Confirmation of Cytospora chrysosperma and Chondrostereum purpureum from Symptomatic Cankered Tissues of Populus nigra Trees in Turkey

Author: Sibel DERVİŞ, Osman ÇİFTÇİ, Şahimerdan TÜRKÖLMEZ, Çiğdem ULUBAŞ SERÇE

 

Abstract: The fungi Cytospora chrysosperma and Chondrostereum purpureum were isolated from inner bark with pycnidia and underlying wood tissues of infected poplar plants (Populus nigra) with symptoms of stem and branch canker and drying in Doğanşehir, Malatya, in 2016, respectively. Twigs of poplar trees were inoculated during their first season of growth by removing the fourth fully expanded leaves and placing agar plugs colonized by representative isolates of C. chrysosperma and C. purpureum over the resulting wounds. Three months after inoculation, cankers in 6.4 and 3.3 cm length formed by C. chrysosperma and C. purpureum, respectively, and twigs were girdled. Pathogenicity tests in a greenhouse experiment by wounds made into the bark tissue and inoculation with these isolates in a similar manner also resulted in canker formation in and around inoculated wounds 14 days after inoculation. Subsequent re-isolations of C. chrysosperma and C. purpureum confirmed that these fungi were the causal agents of the disease, and no cankers formed in wounds that received only sterile plugs. DNA was extracted from representative isolates of each fungal species. Extracted total DNAs were amplified from rDNA internal transcribed spacer (ITS) and the large subunit (LSU) gene regions using ITS6/ITS4 and NL1/NL4 primer pairs, respectively. The amplicons were sequenced directly. BLAST analysis of the provided sequences revealed 99% similarity with isolates of the ITS and LSU sequences of C. chrysosperma and C. purpureum deposited in GenBank. The sequences were submitted to NCBI GenBank. The accession numbers of C. chrysosperma and C. purpureum were MF536529 and MF536531 for ITS-rDNA; MF536530 and MF536532 for LSU-rDNA, respectively. Existence of these fungi in Turkey was previously reported. However, this is the first report of molecular characterization of C. chrysosperma and C. purpureum based on ITS and LSU-rDNA nucleotide sequences in Turkey.

Keywords: Poplar, canker, Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum, PCR